2025年12月29日，自然資源部南海生態中心聯合自然資源部南海發展研究院、自然資源部南海調查中心、自然資源部南海預報減災中心、自然資源部北海海洋中心、自然資源部南海海域海島中心等單位及海南南沙珊瑚礁生態系統國家野外科學觀測研究站、自然資源部南海遙感測繪協同應用技術創新中心等科技創新平臺力量，共同編制的《黃巖島珊瑚礁生態調查報告》（以下簡稱《報告》）發布。《報告》基于船舶走航、潛水調查、衛星航空遙感、原位觀測等方式，結合歷史數據分析，對黃巖島珊瑚礁生態狀況進行了調查評估。
《報告》顯示，一是黃巖島珊瑚礁生態系統狀況總體良好，分布有造礁石珊瑚13科36屬135種，覆蓋率較高但區域差異明顯，珊瑚礁魚類和大型底棲無脊椎動物種類豐富；潟湖北部分布有連片繁茂海草，面積約1.85平方千米。二是黃巖島國家級自然保護區范圍內造礁石珊瑚平均覆蓋率高達38.8%，是眾多珍稀瀕危野生動物繁衍棲息的重要場所，分布有綠海龜、玳瑁、番紅硨磲、長硨磲、法螺、虎斑寶貝等國家一級、二級保護野生動物共94種。
《報告》表明，據資料顯示，20世紀60年代~70年代有關國家在黃巖島海域開展投彈訓練等軍事活動，對黃巖島珊瑚礁造成了破壞。同時，近年來有關國家非法捕撈和頻繁侵闖活動對黃巖島生態系統健康造成了很大威脅。
《報告》指出，全球氣候變化導致的海表溫度異常升高、熱帶氣旋襲擊等也都對黃巖島珊瑚礁生態系統健康造成了一定的脅迫性影響，此外黃巖島珊瑚礁生態系統還面臨因長棘海星暴發而進一步受損的風險。
《報告》認為，我國黃巖島國家級自然保護區設立后，通過實施嚴格的保護管理和必要的生態修復，將有助于維持和提升黃巖島珊瑚礁生態系統的多樣性、穩定性、持續性。
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