為充分掌握大清查準備階段各地進展和預分解登統數據及實際儲存庫點貨位填報情況，省大清查領導小組辦公室派出工作組，對各市州大清查工作進行全面檢查。于3月18日至25日完成了對蘭州、白銀、金昌、定西、甘南5市州的檢查，第二次檢查從4月3日開始。
3月27日，省大清查領導小組辦公室領導聽取了檢查組第一次檢查情況的匯報，并作出批示。省大清查領導小組副組長、省發展和改革委黨組成員、省糧食和物資儲備局黨組書記、局長段昌盛批示：“這次大清查不同于以往常規性檢查，對存在的問題要高度重視，能提前整改的堅決整改，不能整改的如實反映，一定要把情況提前掌握。”省大清查領導小組辦公室副主任、省糧食和物資儲備局黨組成員、副局長王春林批示：“這次派工作組下去，重點圍繞前期準備，數據登統和貨位填報，三個方面進行檢查，發現了一些問題，下一步要針對存在的問題，加大工作力度。”
結合檢查情況，省大清查領導小組辦公室對下一步的工作作出了安排：
一是要提高認識，高度重視，切實把大清查工作牢牢抓在手上，落實到行動上。各市州大清查領導小組辦公室主任、糧食和物資儲備局局長要明確任務并切實負起責任，抓好大清查各環節的工作，對難度大的工作要及時向分管市州長匯報進展情況，引起足夠的重視，取得政府有力的支持。
二是要聚焦查清庫存數量和質量底數這個關鍵，創新工作方法，切實把管理責任落實到位，指導企業嚴格按照大清查相關要求認真扎實準備，確保大清查工作壓茬順利推進。
三是要本著實事求是的原則和科學嚴謹的態度，直面大清查的重點、難點，認真對存儲的各類糧食數量分性質、分品種逐一核實。特別要重視已經下達的地方儲備糧儲存規模計劃數量，除已下達的輪換計劃正在出入庫外，其余的務必均納入清查范圍。以摸清糧食庫存數量為首要任務，迎難而上，堅決把3月底庫存糧食準確分解登統，不再出現任何形式的失誤。
四是要對所存儲的各類糧食質量指標、品質指標和食品安全主要指標近3個月的檢測結果認真分析，沒有近3個月檢測報告的，要抓緊在大清查質量清查工作開展前進行一次自檢，真正做到底數清楚、心中有數。
五是要對分解登統數據、貨位填報等重點環節，采取領導包保、專人負責的方式，確保報賬單位、實際存儲庫點、貨位明細表等各項數據100%準確。
六是要緊抓自查階段之前的時機，緊扣問題導向，實事求是找問題，較真碰硬揭短板。對已開展的整改工作，必須事事件件要及時整改到位，并以點促面，開展一次大檢查、大整頓，切實消除糧食安全隱患。對檢查中發現的問題，要緊盯不放，絕不允許搞變通、打折扣，立行立改，為順利進入普查階段奠定良好基礎。
