9月中下旬，省局大清查領導小組辦公室派出3個督查組對14個市州大清查期間發現的所有問題整改情況逐一進行了督查，對40多戶政策性糧食承儲企業整改情況實地進行了查驗。
本次督查主要采取聽取匯報、查閱問題清單和整改臺賬、現場查驗和詢問相關人員的方式，對自查、普查、各級督導、系統錄入和國家局梳理5個環節檢查發現的問題逐條對照督查，特別是對正在整改和未整改的問題，要求各級大清查辦督促承儲企業制定明確的整改措施，限期整改到位。重點對國家局梳理出的問題，要緊盯不放。同時，對大清查質量清查問題的整改情況進行了核實。
督查期間，認真傳達了省大清查領導小組副組長兼辦公室主任、省糧食和物資儲備局局長段昌盛，省大清查領導小組辦公室副主任、省糧食和物資儲備局副局長王春林在聽取《關于對大清查檢查發現問題梳理完善工作情況的匯報》時的指示精神，要求各級大清辦高度重視檢查發現問題的整改落實，對此次國家局梳理出的大清查檢查發現問題引起高度重視，一定要盯住不放，及早制定措施，抓緊完成整改。
此次督查，總體看各市州大清查領導小組辦公室對大清查發現的各類問題還是比較重視，都不同程度采取有效措施督促承儲企業進行整改，對國家局梳理出的問題整改到位了66%。從整改力度看，有的市還有一定差距，存在問題整改進展緩慢，整改效果參差不齊的現象。
通過檢查，各地一致認為，下一步要繼續加大對大清查發現問題的整改力度，特別是本次督查后仍沒引起重視和進展緩慢的各級大清查領導小組辦公室和政策性糧食承儲企業，要對問題分類別、分層次、分難易程度，責成逐條拿出具體整改措施、時限，確保全面完成大清查問題整改。
